KBRI Bern dibuka pada tahun 1952 dan merangkap sebagai perwakilan Indonesia untuk Kantor PBB di Jenewa dan organisasi Perjanjian Umum Tarif dan Perdagangan (atau General Agreement on Tariffs and Trade (GATT)). Perwakilan Indonesia untuk Kantor PBB di Jenewa kemudian dipisah dari KBRI Bern pada tahun 1967. Dari tahun 1954 sampai 1965, KBRI Bern merangkap sebagai perwakilan Indonesia untuk Takhta Suci. Selain itu, dari tahun 1957 sampai 1967, KBRI Bern juga merangkap sebagai perwakilan Indonesia untuk Spanyol. Namun menurut catatan sejarah yang diterbitkan KBRI Madrid, Spanyol, hubungan diplomatik antara Indonesia dan Spanyol baru mulai pada tahun 1976.Saat ini, KBRI Bern merangkap sebagai perwakilan Indonesia untuk Liechtenstein. Perangkapan ini dimulai pada tahun 1998.

 

 

Pada awalnya, kantor KBRI Bern bertempat Hotel Bellevue di Bern. Kemudian sebuah gedung yang berlokasi di Wiladingweg 10 disewa untuk kantor KBRI Bern. Pada tahun 1956, kantor KBRI Bern pindah lagi ke Elfenstrasse 9 dan pada tahun 1972, sebuah bangunan di Elfenauweg 51 dibeli oleh pemerintah Indonesia dan merupakan lokasi KBRI Bern sampai saat ini.